Para manter a transparência em todas as ações administrativas, a FapUnifesp publica, anualmente, o seu Relatório de Gestão. Esse documento é um resumo indicativo das suas atividades de gestão e movimentação financeira relativas ao ano em questão. Ele é um dos instrumentos de comunicação da Fundação para assegurar transparência administrativa. A sua publicação está em conformidade com as leis vigentes do setor para a existência de uma Fundação de Apoio a Universidades Públicas Federais.

Para garantir os princípios da criação da Fundação que, sobretudo, visam atender da maneira mais adequada às demandas da comunidade acadêmica da UNIFESP, a diretoria da FapUnifesp disponibiliza nos relatórios [retirei as vírgulas] um material de consulta, esclarecimento e acompanhamento dos trabalhos adotados.

Os Relatórios de Gestão também estão disponíveis para consulta no Portal da Transparência.